Státní veterinární správa vedle pravidelných kontrol (inspekcí) provádí v souladu s nařízením Evropského parlamentu a Rady (EU) 2017/625 audity dozorovaných schválených subjektů. Mluvíme-li o schválených subjektech, jedná se o podniky schválené podle nařízení Evropského parlamentu a Rady (ES) č. 853/2004, tedy podniky zpracovávající živočišné produkty uvedené v tomto nařízení (maso, mléko, vejce…) Auditu se účastní vždy více osob (tým vyškolených auditorů.
Úkolem auditu je posoudit funkčnost systému zajišťujícího výrobu zdravotně nezávadných potravin, posoudit shodu těchto systémů a postupů s požadavky platné legislativy (zejména tzv. „hygienického balíčku“ jehož součástí jsou vedle obou výše jmenovaných nařízení ještě nařízení Evropského parlamentu a Rady (ES) č. 852/2004, 2019/624 a 2019/627). Z auditu je vypracována pro kontrolovaný subjekt závěrečná zpráva. Podle míry posouzené shody je pak podnik „oklasifikován“. Klasifikace slouží jednak k posouzení vývoje podniku, jeho srovnání s ostatními, zejména pak k nastavení následné frekvence auditů, případně i následných inspekcí.
Zatímco klasifikace (či známka) 1 znamená, že základní interval mezi audity, vypočítaný pro podnik na základě analýzy nebezpečí, lze prodloužit. naopak známka 3 znamená, že musí být v podniku zvýšena frekvence kontrol, podnik musí přijmout opatření k urychlenému odstranění zjištěných neshod. Známka 4 znamená, že podnik, nebo některá z jeho částí nevyhovuje, musí být okamžitě přijata nápravná opatření případně nevyhovující část nebo celý podnik má pozastavené schválení, jako krajní řešení může být schválení odebráno. Vzhledem k soustavně vykonávanému dozoru ve schválených provozech však k takové situaci dochází naprosto výjimečně.
