Zpracovatelskými zařízeními se rozumí podniky, které zpracovávají VŽP různých kategorií (1 až 3) a patří sem celá řada závodů – například výroba kolagenu, želatiny, zpracování mléka nebo výroba bionafty ze živočišných tuků nebo použitého kuchyňského oleje.
V našich podmínkách je ale nejtypičtějším příkladem zpracovatelského zařízení asanační podnik neboli kafilerie. Výsledkem zpracování v kafilerii je kafilerní tuk a masokostní moučka, respektive zpracovaná živočišná bílkovina v případě zpracování VŽP kategorie 3. Výsledným produktem může být i krevní moučka získaná zpracováním plné krve jatečně poražených zvířat nebo péřová moučka vyrobena z peří jatečně poražené drůbeže.
Nejrozšířenější metodu zpracování VŽP ve zpracovatelských závodech je tlaková sterilizace neboli metoda č. 1 – velikost částí 5 cm, teplota 133 °C, tlak 3 bary po dobu nejméně 20 minut.
Celkem existuje 7 standardních zpracovatelských metod.
Mezi zpracovatelská zařízení patří i provozy, které využívají tzv. alternativní zpracovatelské metody. Patří sem například alkalická hydrolýza nebo hydrolýza za vysokého tlaku a teploty, zplynování podle Brookese, silážování VŽP z ryb, katalytický proces pro výrobu obnovitelných paliv anebo ošetření drůbežího či prasečího hnoje vápnem.
Zpracování VŽP ve zpracovatelských zařízeních podléhá schválení Státní veterinární správou dle článku 24 nařízení (ES) č. 1069/2009. Povolení k činnosti kafilerie vydává přímo Ústřední veterinární správa, ostatní zpracovatelská zařízení podléhají schválení místně příslušnou krajskou veterinární správou. V případě již schválených potravinářských podniků, které uvádí na trh výrobky určené například ke krmení nebo na technické účely (syrovátka, želatina nebo kolagen) je potřebná pouze registrace. Formulář žádosti:
Žádost o schválení nebo registraci osoby nebo provozovny manipulující s VŽP 
(60,4 KB)
Podmínky pro schválení zpracovatelských zařízení jakož i jednotlivé zpracovatelské metody včetně alternativních jsou uvedeny v příloze IV a obecné požadavky pro výrobní zařízení v příloze IX nařízení Komise (EU) č. 142/2011.
