Mezi organická hnojiva kromě klasického stájového hnoje nebo kompostu patří i hnojiva vyrobena z masokostní moučky kategorie 2 nebo zpracované živočišní bílkoviny.
Výroba organických hnojiv z masokostní moučky nebo zpracované živočišné bílkoviny podléhá schválení krajskou veterinární správou dle článku 24 nařízení (ES) č. 1069/2009. Výrobce organických hnojiv před samotným zahájením výroby musí tedy požádat o schválení provozu místně příslušnou krajskou veterinární správu. Formulář žádosti:
Žádost o schválení nebo registraci osoby nebo provozovny manipulující s VŽP 
(60,4 KB)
V případě schválení je provozu přiděleno schvalovací číslo, které musí být následně uváděno na všech výrobcích. Výrobce, včetně schvalovacího čísla, je uveden v seznamu schválených/registrovaných zpracovatelů VŽP.
Schválený výrobce organických hnojiv je povinen nahlásit svou činnost na Ústřední kontrolní a zkušební ústav zemědělský (ÚKZÚZ), který výrobce organických hnojiv zaregistruje. ÚKZÚZ je rovněž příslušným orgánem pro dozor nad správným složením a používáním hnojiv.
Pro výrobu organických hnojiv spadající do kompetence Státní veterinární správy může být použita masokostní moučka kategorie 2 vyrobená tlakovou sterilizací nebo zpracovaná živočišná bílkovina získaná z materiálů kategorie 3. V rámci výrobního procesu jsou uvedené živočišné bílkoviny smíchané s dostatečným množstvím složek, které vyloučí použití organického hnojiva ke krmení zvířat. Tyto složky musí být povoleny ÚKZÚZ k aplikaci na půdu a povětšinou se jedná se o složky, jako jsou vápno, hnůj, moč, kompost nebo jiná minerální hnojiva a podobně.
Podmínky pro výrobu organických hnojiv jsou uvedeny v příloze XI a obecné požadavky pro výrobní zařízení v příloze IX nařízení Komise (EU) č. 142/2011.
